Pranjić memulakan kerjayanya di Papuk. Beliau bermain untuk NAŠK, Papuk dan Osije sebelum ke kelab terbesar negaranya, Dinamo Zagreb pada 2004. Ketika di Dinamo Zagreb, beliau bermain di kempen Piala UEFA 2004–05, beliau membuat enam penampilan dan menjaringkan satu gol pada kejohanan itu.

Pada 2005, beliau berpindah ke kelab Belanda, SC Heerenveen. Beliau memulakan kempen 2008-09 dengan baik, beliau menjaringkan empat gol dalam tiga perlawanan liga pertamanya. Pranjić menjaringkan hatriknya dalam saingan Piala KNVB pada 12 November 2008 menentang Haaglandia, 8-0. Pada 31 Januari 2009, beliau menjaringkan gol tunggal Heerenveen untuk menang ke atas Ajax Amsterdam.

Beliau memenangi Piala KNVB bersama Heerenveen pada penghujung musim 2008 dan pada perlawanan akhir itu adalah perlawanan terakhir beliau di Heerenveen. Pada Jun 2009, Bayern Munich mengumumkan Pranjić akan sertai mereka.[2] Beliau membuat impak besar ketika musim pertamanya di Bayern, beliau memulakan kerjayanya di Bayern dengan bermain 14 perlawanan dan menjadi pilihan pertama bek kiri selepas Holger Badstuber.

Pada 13 Julai 2012, selepas kontraknya bersama Bayern tamat, Pranjić telah ke kelab Primeira Liga, Sporting Clube de Portugal. Beliau bermain sembilan perlawanan untuk Os Leões sebelum ke kelab La Liga, Celta de Vigo pada Januari 2013 secara pinjaman sehingga penghujung musim.

Pada 2 September 2013, Pranjić telah menandatangani kontrak baru tiga tahun bersama Panathinaikos. Beliau membuat debut untuk Panathinaikos ketika seri 1–1 menentang Platanias F.C.